Проблемы у руководителей Банка Москвы начались сразу после того, как новое правительство Москвы продало муниципальную долю в капитале этого учреждения (46,48%) государственному банку ВТБ. Тот некоторое время спустя просигнализировал о большой доле в портфеле Банка Москвы сомнительных кредитов.

Следственные органы заинтересовались банком в конце 2010 года. Тогда был отслежен также сомнительный финансовый поток. В 2009 году финансовая организация получила из бюджета столицы на увеличение своего капитала 15 млрд рублей. Затем Банк Москвы выдал 13 млрд компании «Премьер–Эстейт», уставный капитал которой на день получения кредита составлял минимально допустимые 10 тысяч рублей. Та в свою очередь полученный кредит потратила на покупку земли в западной части Москвы у компании «Интеко», принадлежащей супруге экс-мэра Москвы Елене Батуриной. При этом, по мнению экспертов, сумма сделки при покупке 58-ми гектаров земель превышала реальные рыночные цены в несколько раз.

Очень долго следователи пытались вызвать на допрос саму Елену Батурину, которая проживает и занимается бизнесом в Австрии. Но она приезжать отказывалась, опасаясь, что после допроса уже не вернется обратно. Только в июне 2012 года она посетила в Москву, после того как с очередной повесткой ей была выдана гарантия неприкосновенности. В течении четырех часов Елена Батурина давала показания следователям, после чего ее статус свидетеля в этом деле не претерпел изменений.

Что касается Бородина и Акулинина, то позднее следствие вскрыло вторую схему хищений. В 2008–2010 годах эти топ-менеджеры организовали перевод с корсчета Банка Москвы на счета двадцати подконтрольных им компаний, зарегистрированных на Кипре, порядка 7,8 млрд рублей. Предположительно подозреваемые находятся в Англии. На родине, где они заочно арестованы и объявлены в международный розыск, их ждет большой срок заключения.