Добрый вечер.
Если автомобиль находится на балансе компании, тогда сама компания является плательщиком транспортного налога. Если сделка по продаже была произведена в текущем 2016 году, значит, за 2016 год компания оплатит транспортный налог.
А вот расчет налога с суммы полученного дохода от продажи зависит от того:
1) Каким видом деятельности занимается компания,
2) Какой налоговый режим компания применяет (на упрощенке или ЕНВД, применяет общепринятую систему налогообложения)?
Прошу ответить на мои вопросы и я смогу тогда более точно рассказать далее, что необходимо сделать компании.