Конечно, зря вы не настояли на выписке до продажи квартиры.
Однако бывший собственник может говорить правду. Я была в такой ситуации, когда оформляла в регионе, куда переехала, прописку с одновременной выпиской со старого места. Паспортный стол должен был направить уведомление о том, что я снята с учета, по старому месту прописки - однако эти уведомления они отправляли обычной почтой, и письмо (видимо) просто не дошло.
В моем случае родственники, жившие в той квартире, попросили меня прислать отсканированные страницы паспорта, ходили с ними в паспортный стол, после чего сотрудники паспортного стола сами отправили запрос на новое место, и в итоге все-таки сняли с учета. Рекомендую для начала попытаться поступить так же - попросить бывшего владельца прислать копии документов, подтверждающие его прописку в новом месте.
Ну или вы можете выписать его через суд.