Мой Вам совет, если у Вас имеется документальное подтверждение оплаты налога с Вашей стороны, написать официальный запрос в налоговую службу. В течении 30 дней они обязаны Вам предоставить ответ. В случае затягивания времени и т. д. - советую обращаться в суд, если сумма существенная.
Если речь идет о копейках - то проще заплатить повторно, ради экономии времени.