Должности заместителя директора по экономическим вопросам нет в квалификационных справочниках. Должностям в штатном расписании работодатель вправе давать те названия, которые считает нужными. Единственное исключение, это если с выполнением работ по определенным должностям, профессиям, специальностям связано предоставление компенсаций и льгот либо наличие ограничений, тогда наименования этих должностей, профессий или специальностей и квалификационные требования к ним должны соответствовать наименованиям и требованиям, указанным в квалификационных справочниках (абз. 3 ч. 2 ст. 57 ТК РФ).
Возможно, что лет через пять ситуация изменится и организации всех форм собственности будут обязаны руководствоваться при составлении штатного расписания так называемыми профессиональными стандартами. Подготавливаемые законодателем изменения в Трудовой кодекс РФ направлены на этот курс. Поэтому есть смысл уже сейчас приводить кадровые документы в соответствие. Профессиональные стандарты по своей сути расширенные версии характеристик из квалификационных справочников. Посмотрите "Квалификационный справочник должностей руководителей, специалистов и других служащих" (утв. Постановлением Минтруда России от 21.08.1998 N 37), в нем есть должности финансовый директор (заместитель директора по финансам) и заместитель директора по коммерческим вопросам, возможно функционал обязанностей какой-то из этих должностей подходят вашему заму по экономическим вопросам.