Согласно п. 9 Положения «Об особенностях направления работников в служебные командировки», утвержденного Постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922 работнику, работающему по совместительству, при командировании сохраняется средний заработок у того работодателя, который направил его в командировку. В случае направления такого работника в командировку одновременно по основной работе и работе, выполняемой на условиях совместительства, средний заработок сохраняется у обоих работодателей, а возмещаемые расходы по командировке распределяются между командирующими работодателями по соглашению между ними.
Таким образом, в вашей ситуации два варианта действий.
Вариант 1. Оформить командировку по обеим должностям с сохранением среднего заработка по обеим должностям.
Вариант 2. Оформить командировку с сохранением среднего заработка по совмещаемой должности, а по основной оформить отпуск без сохранения заработной платы.
Оба варианта приемлемы.