В паспортном столе (правильно, отделении ФМС) для определении написания русских букв латинскими, пользуются специальной утвержденной таблицей. Действительно, не так давно были другие правила транслитерации, сейчас же многие буквы стали транскрибироваться чуть по другому.

На самом деле это не так страшно - допускается несовпадение 3 букв в написании в различных документах. Настоять на своем написании вы, скорее всего, не сможете, ибо сотрудники ФМС пользуются своими инструкциями и оформляют документы в соответствии с действующим законодательством (а не желанием граждан).