Понятие об онтологии как учении впервые ввел Аристотель. Католические философы в эпоху позднего средневековья пытались применить идею Аристотеля о метафизике для построения определенного учения о бытии. Учения, служащего неоспоримым философским доказательством истин религии.

Эта тенденция выступила в наиболее законченном виде у Фомы Аквинского в его философско-теологической системе. Приблизительно с 16 века особую часть метафизики, учение о сверхчувствительной, нематериальной структуре всего сущего стали понимать под термином онтология.

Сам термин «онтология» впервые употребил в 1613 году немецкий философ Геклениус. А так как мы понимаем этот термин сейчас, в его законченном выражении, онтология была выражена в философии Вольфа. Онтология была отринута от содержания частных наук и строилась путем абстрактно-дедуктивного анализа ее понятий, таких как бытность, количество и качество, возможность и действительность, причина и действие, субстанция и акциденция и другие.

Однако в материалистических учениях Гоббса, Спинозы, Локка и французских материалистов 18 века выступала противоположная тенденция, потому что содержание этих учений опиралось на данные экспериментальных наук, и идея онтологии как философской дисциплины высшего ранга сводилась практически к нулю.

В философии 20 века немецкие философы-идеалисты Николай Гартман и Мартин Хайдеггер в результате распространения субьективно-идеалистических течений построили на объективно-идеалистической основе так называемую новую онтологию. Под новой онтологией понимается определенная система всеобщих понятий бытия, которые постигаются с помощью сверхрациональной и сверхчувственной интуиции.

Сегодня под термином «онтология» принято понимать единство и полноту всех видов реальности, хотя мир дискретен и разделен, он имеет четкую структуру, все части которой связаны и представляют собой целостность. Онтология имеет несколько типов: онтология предметной области, сетевая, мета-онтология, онтология конкретной задачи.