Поводом для привлечения повышенного внимания к самолетам Superjet-100 стала катастрофа в Индонезии, имевшая место в мае 2012 года. Тогда самолет исчез с экранов радаров в нескольких десятках морских миль от индонезийской столицы. Superjet-100 совершал показательный полет в рамках авиационного шоу. На борту находилось 45 человек, включая российский экипаж. Планировалось, что демонстрация возможностей российского лайнера продолжится в Лаосе и Вьетнаме, однако катастрофа нарушила планы организаторов демонстрационных полетов.

Через несколько дней после катастрофы в Индонезии «Аэрофлот» заявил через Twitter, что не намерен отказываться от эксплуатации Superjet-100. В сообщении указывается, что все подобные самолеты ежедневно проходят самый строгий технический осмотр, а рейсы выполняются в соответствии с расписанием. На сегодняшний день в ОАО «Аэрофлот – Российские авиалинии» эксплуатируется семь SSJ-100, и компания дополнительно заказала еще тридцать этих самолетов.

Однако неприятности с SSJ-100, похоже, не прекратились. Как сообщило агентство «РБК-daily», в начале августа 2012 года принадлежащий «Аэрофлоту» Superjet-100, совершавший перелет из Казани в Москву, приземлился в аэропорту Шереметьево в аварийном режиме. В качестве причины инцидента называется разгерметизация салона. Впрочем, компания «Гражданские самолеты Сухого» опровергает сообщение о летном происшествии, утверждая, что самолет сел в обычном режиме.

В середине августа 2012 года глава «Аэрофлота» Виталий Савельев в эфире радиостанции «Эхо Москвы» заявил, что у него нет особенных претензий к лайнеру Superjet-100. По словам представителя эксплуатирующей организации, время от времени выявляющиеся технические сбои – всего лишь «детские болезни роста» самолета. Следует отметить, что примерно в это же время года армянская авиакомпания «Армавиа» сделала заявление о нежелании покупать ранее заказанные ею два самолета Superjet-100, сославшись на то, что не имеет возможности экспериментировать с полетами пассажиров.