Израиль, для которого случившееся стало национальной трагедией, не удовлетворили итоги расследования террористического акта. Оставшиеся в живых террористы и причастные к организации теракта были задержаны немецкой полицией, но под угрозой новых терактов, которые пообещали провести палестинцы, задержанные были выпущены на свободу в результате произведенного обмена. Тела пятерых погибших палестинцев по настоянию лидера Ливии Муамара Каддафи были выданы Палестине, где они были названы национальными героями и похоронены с большой помпой.
Началась операция «Гнев Божий», которую провела израильская разведка «Моссад». Ее целью стало физическое устранение всех участников теракта и причастных к нему людей. Таковых насчитывалось 17 человек. Наказание террористам не заставило себя долго ждать – уже в октябре 1972 года был застрелен один из организаторов теракта. Через 9 месяцев после трагедии крестиками в списке «Моссада» было помечено уже 13 человек.
Еще двое палестинцев, причастных к убийству спортсменов, погибли позже. Остальные двое из списка «Моссад» избежали наказания, один из них скончался в 2010 году, второй, единственный из оставшихся в живых скрывается в одной из африканских стран.
На лондонской Олимпиаде 2012 года исполняется 40 лет событиям в Мюнхене. Память жертв теракта члены МОК, спортсмены и жители Лондона почтили 23 июля. После церемонии у Стены перемирия, символизирующей миротворческую идею Олимпийских Игр, состоялась минута молчания. В этом мероприятии приняли участие более 100 человек, в том числе председатель МОК Жак Рогге, глава организационного комитета Олимпиады в Лондоне лорд Коу, а также мэр города Б.Джонсон.