Игры 1906 года были проведены в честь десятилетия первой Олимпиады, которая также проходила в Афинах. Чтобы еще сильнее подчеркнуть связь двух мероприятий, организаторы Олимпиады выбрали такую же схему проведения соревнований, что и в 1896 году. По большей части состязания проводились на Мраморном стадионе.
Поначалу, когда из Греции поступило предложение провести Олимпиаду именно в 1906 году, МОК не дал категоричного отказа. Дело в том, что к тому моменту престиж Олимпийских игр упал, и общественность уже не проявляла к ним былого интереса. Чтобы предотвратить окончательный крах Олимпийского движения, необходимо было принять меры, а ждать до 1908 года уже не было возможности. И хотя впоследствии МОК откажется признавать Олимпиаду 1906 года, именно ее будут называть спасением игр, позволившим вернуть интерес публики и особенно спортсменов к мероприятию, поддержать движение и саму его идею.
Сложность заключалась также в том, что, согласно традициям, Олимпиада должна была проводиться в разных странах мира, но в 1906 году мероприятие планировалось провести именно в Греции, что вызвало недовольство членов МОК. Так или иначе, но 22 апреля было проведено торжественное открытие игр. Поскольку в СМИ немало внимания уделялось Олимпиаде 1906 года, множество спортсменов и гостей прибыли в Афины.
В мероприятии участвовало около 900 спортсменов из 20 стран, притом среди них было семь женщин. В рамках Олимпиады 1906 года проводились соревнования в следующих видах спорта: тяжелая атлетика, греко-римская борьба, фехтование, академическая гребля, парусный спорт, плавание, прыжки в воду, легкая атлетика, стендовая и пулевая стрельба, велосипедный спорт и теннис. К сожалению, поскольку МОК не признал Олимпиаду 1906 года, все полученные ее участниками награды оказались недействительными и в дальнейшем не учитывались.
Торжественная церемония закрытия Олимпиады состоялась 2 мая. После окончания мероприятия его результаты еще долго обсуждались в разных странах, что значительно усилило интерес публики к играм. Это стало особенно заметно во время Олимпиады 1908 года в Лондоне, в которой приняли участие более 2000 спортсменов.