Фильм начинается с небольшого сюжета о зарождении жизни на Земле. Инопланетный корабль высаживает одного «прародителя», очень похожего на современного человека, на незаселенной планете. Выпивая какой-то напиток, он красиво падает со скалы в реку и распадается на молекулы. Его ДНК начинает взаимодействовать с окружающим миром. Так, по версии создателей «Прометея», было посеяно зерно жизни.
Тысячи и тысячи лет прошло с того момента, как на Землю впервые спустился пришелец, много раз инопланетная цивилизация посещала своих детей. У многих древних народов существует легенда о Богах, которые прилетали на планету и оставили человечеству наследие в виде знаний и письменности.
В ходе многолетних археологических исследований были найдены древние послания – наскальные рисунки, таблички, фрески и т.д. Шумер, Египет, Майя, Гавайи, Месопотамия – каждая из этих древних культур развивалась независимо, порой их разделяли сотни и тысячи лет. Но на всех найденных артефактах ученые видели одну пиктограмму – люди, поклоняющиеся внеземным существам, которые указывают на созвездие, из которого они прибыли.
Ученые-археологи Чарли Холлоуэй и Элизабет Шоу рассчитали местоположение нужной галактики и звездной системы, на которую указывают древние тексты, и нашли «планетоид» - спутник газового гиганта в двойной звездной системе Дзета. Они убеждают руководителя крупной корпорации отправить экспедицию к планете-первоисточнику, чтобы встретиться со своими создателями.
После двух лет полета на звездолете «Прометей» со сверхсветовой скоростью, экипаж пробуждается от анабиозного сна. Планета, к которой они прилетели, оказалась пуста, цивилизация погибла, оставив после себя руины. В одной из пещер группа исследователей натыкается на древнюю постройку с телами гуманоидных существ в скафандрах. Постепенно экипажу «Прометея» становится ясно, что погубило создателей человечества, и теперь им предстоит уничтожить древнее зло, иначе возвращаться им уже будет просто некуда.
