Явления синонимии, антонимии, омонимии могут быть и у морфем.

При синонимии морфемы различаются по фонемному составу, но схожи по значению.

выбрать – избрать (приставки вы-, из-)
домина – домище (суффиксы -ин-, -ищ-)
стола – занавески (окончания родительного падежа единственного числа -а, -и)

При антонимии морфемы различаются по фонемному составу и имеют противоположные значения.

связать – развязать (приставки с-, раз-)
домик – домище (суффиксы -ик-, -ищ-)

При омонимии морфемы совпадают по фонемному составу, но различаются по значению.

скатиться с горы – сходить в магазин (приставка с- в первом случае обозначает движение вниз, во втором – движение в пространстве туда-обратно)
домина – горошина (суффикс -ин- в первом слове имеет увеличительное значение, во втором - единичное)
из двери – к двери – о двери (одинаковое окончание -и имеет три разных значения)