Скорее всего, диск С нельзя отформатировать, потому что он заблокирован системой или используется. Если вы точно уверены, что поставили операционную систему на диск D, то, воможно, что на диск С устанавливались какие-то приложения. По-умолчанию они устанавливаются в папку Program Files на диске С. Если же вы точно уверены, что на диске С нет ничего важного, то диск можно отформатировать так. Нажимаете кнопку "Пуск" (или кнопку со значком Windows, если у вас Windows 7), в пункте "Выполнить" (или Найти программы и файлы (в самом низу меню), если у вас Windows 7 ) набираете cmd. Открывается черное окошечко-консоль, куда можно писать. Пишете в нем format C: /X Форматирование или начнется сразу же, либо будет выведено сообщение о том, что диск заблокирован, и форматирование будет произведено после перезагрузки компьютера.

Как вариант - можно загрузится с установочного диска Windows и в программе установки отформатировать все разделы, которые вам не нужны. Или даже переразбить диск на новые разделы нужных размеров (с потерей всех данных, конечно).