Добрый день! Ситуация действительно интересная, но иногда встречается в том варианте, что работник сначала "теряет" трудовую книжку, ему оформляется новая, а потом он находит "старую". Здесь же была потеря трудовой книжки по вине работодателя, а потом книжка нашлась. Слышала, что некоторые коллеги в такой ситуации оставляют дубликат, вкладывают в трудовую, но записи продолжают вносить в "основной" книжке.
Я с вами согласна: в идеале нужно списать дубликат, причину можно так и указать: "ввиду нахождения оригинала трудовой книжки". Рекомендую так же создать акт о нахождении оригинала трудовой книжки, чтобы сам факт обнаружения тоже был документирован. На основании данных актов вносятся изменения в номер трудовой книжки в Журнале учета трудовых книжек, и я бы в Журнал "подколола" все акты.
Желаю вам всего доброго!