Короче, советую переложить все из Моих документов в другую папку. И понаблюдать. Если будет и оттуда пропадать - причина не в Windows, а в каких-то программах, которые вы установили сами.

В другой папке ничего не пропадает. Однако если сменить директорию папки "мои документы" - файлы и оттуда пропадают
Фишка в том, что в папке остаются 3 папки, всегда одни и теже

Странно. Я бы реестр посоветовал проверить. Есть признаки нарушения какого-то с профилем пользователя. Ну и антивирус, разумеется.

Что мне посмотреть в реестр? Какие данные проверить?
стоит Авира
Буду рад, если поможете устранить проблему

По каким-то причинам Windows либо:
1. восстанавливает состояние системы на очень раннюю точку, когда папка документов была пуста.
2. Создает пользователю новую папку Мои документы.
Чтобы исключить 1, удалите все старые точки восстановления. Реестр попробуйте обработать CCleaner. В последних версиях есть такая возможность.
Самое главное — посмотрите журналы Windows. Особенно событий и приложений. Если папку чистит винда, то она точно должна что-то зафиксировать в журнале.