порты Ардуино имеют ограничение по мощности, которую можно к ним подключать, а электромотор - довольно "прожорливая" штука, и Ардуино её просто-напросто не потянет.
чтобы подключить устройства, потребляющие больший ток, чем способен выдать Ардуино, применяются специальные "усилители", в частности, драйверы двигателей. Ардуино с помощью слабого тока своих выходов управляет драйвером двигателей, а тот уже в свою очередь управляет моторами.
к драйверу двигателей, кстати, можно подключать не только двигатели, но и другие потребители, например, мощные светодиоды.
PS. как раз сейчас готовлю статью на эту тему. думаю, за будущую неделю напишу - зайдите, почитайте :)