С помощью услуги "Мобильные платежи". Зарегистрируйте личный кабинет в системе Мегафон и управляйте счетом телефона со своего компьютера http://moscow.megafon.ru/services/finance/m_payment.html
Кроме того, можно пополнять кошелек Киви и привязанные к нему карты со счета мобильного телефона в личном кабинете Qiwi Wallet.
Следует иметь в виду, что при этих операциях взимается довольно высокая комиссия платежной системы: 5,6%.
Впрочем, МТС берёт ещё больше: 9,9%.