Здравствуйте. Чёрный квадрат в начале абзаца- это служебный символ для удобства редактирования, который виден при включении "режима показа непечатаемых знаков",который можно выключить.
Если "квадрат" включен на абзаце, это означает, что следующий абзац будет написан слитно с текущим (без интервала). Применимо также к заголовкам, спискам и т.д., которые может тоже нужно будет реструктурировать.... Для того, чтобы отменить "слияние" текущего сценария и последующего (выключить "квадрат"), выполняем >> Формат- Абзац- вкладка "Положение на станице"- убрать галку в >>"не отрывать от следующего".

Тут нужно смотреть на структуру документа и выполнить действие для всех элементов документа, которые Вы изменяете. Не забываем сохраняться. Также известны "баги" с кириллицей в некоторых стилях\версиях MS Office, решение которых требует опыта скриптов в CMD (в отдельных случаях). Если опыта в Word мало, попробуйте Power Point. Прекрасно конвертируется в Word и обратно, но Power Point проще. Удачи.