Добрый день. Интересный вопрос, но не со всем по моему профилю.
Теоретически строить над тоннелем можно. Для этого необходимо получить разрешение на строительство. Для подачи заявки на которое , придется произвести титанический труд и вложить крупную сумму денежных знаков.
Примерный перечень:
1) правоустанавливающие документы на земельный участок;
2) градостроительный план земельного участка;
3) материалы, содержащиеся в проектной документации:
а) пояснительная записка;
б) схема планировочной организации земельного участка, выполненная в соответствии с градостроительным планом земельного участка, с обозначением места размещения объекта капитального строительства, подъездов и проходов к нему, границ зон действия публичных сервитутов, объектов археологического наследия;
в) схемы, отображающие архитектурные решения;
г) сведения об инженерном оборудовании, сводный план сетей инженерно-технического обеспечения с обозначением мест подключения проектируемого объекта капитального строительства к сетям инженерно-технического обеспечения;
д) проект организации строительства объекта капитального строительства;
е) проект организации работ по сносу или демонтажу объектов капитального строительства, их частей;
4) положительное заключение государственной экспертизы проектной документации.
и так далее, лучше уточните его в районной архитектуре.
Рекомендую получить консультацию у архитектора района.