Если вирусы были, то возможно остались какие то их куски, которые загружаются в память и дополнительно нагружают процессор. Удаленно дать какие то рекомендации достаточно трудно, информация весьма скудная. Поэтому могу только посоветовать стандартные процедуры: проверить несколькими антивирусами в офлайн режиме, например загрузившись с live cd\usb drweb и kaspersky, установить все последние обновления, провести чистку системы от шпионского ПО например вот этой утилитой http://freeware.showmehow.ru/load/bezopasnost/antivirusy/spybot/25-1-0-229, так же неплохо провести чистку от временных и мусорных файлов ccleaner http://freeware.showmehow.ru/load/diski_i_fajly/ochistka_diska/ccleaner/23-1-0-32, это в меньшей степени может вызвать нагрузку на ЦПУ, но так же необходимо.