Если вы собираетесь восстанавливать или устанавливать виндоус с флешки, то советую вам воспользоваться специальными программами типа RMPrepUSB, позволяющими создать мультизагрузочную флешку (http://www.rmprepusb.com/home/what-you-can-do-with-rmprepusb).
Лично я использую для записи загрузочных usb-дисков программу rufus (http://rufus.akeo.ie/), но она не поддерживает создание мультизагрузочных систем.