Отчислить не имеют права, так как задолженность возникла не по вашей вине. Но в любом случае вам нужно эти дисциплины сдать в определенный срок.
Обсудите подробнее этот вопрос с методистом или руководителем кафедры.
Внутренние документы в каждом университете разные, поэтому подсказать порядок сдачи вам могут только сотрудники учебного заведения.