Летописные документы говорят о том, что в день смерти Годунов выглядел здоровым, с большим аппетитом отобедал и поднялся на вышку, с которой любил обозревать Москву. Затем спустился с нее, почувствовав себя дурно. Вызванный к царю врач ничего не смог сделать, у царя потекла кровь из ушей и носа, вскоре Годунова не стало.
Как писал один из представителей английского посла Томаса Смита, находившегося в тот момент при дворе русского самодержца, царь ощутил кроме дурноты и боль в желудке, и скончался еще до прихода доктора.
Внезапность смерти Бориса Годунова, боли в желудке дают основания подозревать, что царь был отравлен. Его смерть была выгодна, прежде всего, приверженцам Лжедмитрия I, войска которого в это время приближались к Москве.
В народе ходил также слух, что царь отравился сам в припадке отчаяния, вызванного его непопулярностью в народе, голодом в стране и ее оккупацией поляками.
Зная нрав Бориса, его характер, стремление к верховной власти, ради которой он был готов на все (его обвиняли в отравлении Ивана Грозного, убийстве царевича Дмитрия, сына Ивана IV), и которой он добился, став фактическим правителем России при Федоре Ивановиче, можно с сомнением отнестись к версии самоубийства Годунова. Русский народ, его мнение о царе, были, скорей всего, безразличны самодержцу. Продвижение поляков по стране тоже не могло пугать царя, ведь были времена и похуже в русской истории, вспомним, например, нашествие монголо-татар на Русь.
Не следует забывать и того, что Годунов в последнее время часто болел, и его кончина могла быть следствием долгой болезни самодержца.