Удивляет озеро ещё и количеством расположенных на нём островов, которых насчитывается около 169 штук. Многие из них не такие уж и большие по площади (около 10 метров диаметром), но самым большим считается остров Хачин, на котором расположилось 13 собственных небольших озёр.
Об удивительном озере Селигер с его многообразием островов была сложена не менее удивительная и прекрасная легенда. Повествует легенда о том, что в очень давние времена на земле жили братья-озёра Ильмень и Селигер. У братьев была Волга-сестра, которую они очень любили. И вот попросила как-то Волга показать ей Каспийское море, о чьём величии она слышала. Не могли отказать ей братья и пообещали выполнить желание. Собрались они в поход, но условились идти всем вместе и только днём, чтобы не заблудиться и не потеряться. Так и было сделано, шли несколько дней они. Но вот однажды ночью проснулся Ильмень брат и увидел, что брат Селигер его обманул и ушёл вместе с сестрой тайком. Разгневался брат Ильмень за такое предательство, и проклял его за обман такими словами: «О, предавший меня брат Селигер, проклинаю тебя за неверность! Так пусть на спине твоей окажется сто горбов!» Боги услышали его и за то, что Селигер нарушил клятву, исполнили проклятье брата. С тех пор и носит Селигер на себе такое количество островов-горбов.
Сегодня озеро имеет береговую линию протяжённостью в 590 километров. Площадь воды 260 квадратных километров. Имеет Селигер большие и маленькие плёсы, которые соединены между собой проливами. Плёс – это относительно большое по площади водное пространство озера, расположенное между островами.
Имеет озеро так же и проливы, узкие из них называют межтоками, большие называют реками. Общее количество проливов составляет 23 штуки. Озеро имеет песчаное дно. Из-за множества мелей, расположенных на озере, плавать по нему могут только небольшие суда, однако имеется большая впадина, глубина которой составляет 30 метров.
Само озеро и окружающие его пейзажи наполнены чарующей красотой, поэтому стоит посетить это место.