Пожалуй, до начала девяностых актер ничем не выделяется помимо комедийной трилогии «Уж кто бы говорил» (1989, 1990, 1993). Иногда эти картины встречаются под названием «Смотрите, кто заговорил!». Герой Траволты таксист Джеймс знакомится с женщиной, которой предстоят роды. Именно он отвозит героиню в роддом. Личная жизнь спутницы оказывается плачевной. Совсем недавно женщину бросил мужчина. В развитии сюжета герой Траволты оказывается няней малышу. Между матерью и таксистом завязываются сначала сугубо рабочие отношения, но впоследствии это перерастает в нечто большее.
С 1994 года, во многом благодаря вспомнившему актера Квентину Тарантино, начинается эпоха триумфа Траволты. Траволта принимает участие в криминальной комедии «Криминальное чтиво» (1994). Этот фильм вполне можно отнести к современной классике кинематографа об американских мафиози. В основе сюжета история пары криминалов из Лас-Вегаса, которые доставляют таинственный чемодан своему боссу.
Далее на широкий экран выход картина «Достать коротышку» (1995). Это криминальная комедия про кинобизнес в которой Траволта исполняет главную роль рэкетира Чили Палмера. Палмер отправляется на поиски задолжавшего боссу режиссера, но втягивается в киноиндустрию и хочет продвинуть собственный сценарий и снять кино.
Мистическая и неимоверно глубокая драма «Феномен» (1996) являет собой фильм про простого парня, который стал обладателем незаурядных способностей. После удара молнии житель провинциального городка стал неимоверно эрудированным и получил паронормальные способности. Сюжет далеко не поверхностен и затрагивает отношение общества к феноменальным людям в целом. Траволта играет главного героя, который может предсказывать землетрясения, иные явления. Уровень интеллекта героя зашкаливает. Все эти способности Джордж Мэлли (Траволта) пытается использовать на благо общества.
Еще одним известным фильмом с участием Траволты можно назвать картину «Без лица» (1997). Джон играет агента ФБР, который розыскивал двух братьев преступников. Одного из них удалось посадить, другой пребывал в коме. Однако вскоре узнается о том, что преступники заложили бомбу. Для того, чтобы узнать, где она, агент ФБР (Траволта) пересаживает себе лицо брата преступника, находящегося в коме, и садится в тюрьму за него. В это время очнувшийся из комы герой сам пересаживает лицо агента ФБР и устраивается на работу в агентство. В итоге обоим героям предстоит доказать кто есть кто.
Помимо этого, заслуживает внимания комедия «Счастливые номера» (2000) в дуэте с Лизой Кудроу и постапокалиптическая драма про инопланетных захватчиков «Поле битвы: Земля» (2000).