Во время пребывания в Афганистане советских войск Джалалуддин Хаккани был известным полевым командиром, его поддерживало Центральное разведывательное управление США, оказывая финансовую помощь.

После вывода советских войск гражданская война в Афганистане продолжилась. Хаккани участвовал в нескольких крупных операциях, его авторитет значительно вырос. В 1992 году он принимал участие в мирных переговорах между враждующими сторонами, затем стал министром юстиции Афганистана и занимал этот пост четыре года.

После захвата в 1996 году Кабула талибами Хаккани перешел на их сторону и был назначен министром по пограничным вопросам. На практике это привело к тому, что он полностью контролировал провинцию Пактия, в которой располагались уничтоженные позже американцами тренировочные лагеря «Аль-Каиды». После начала операции США против талибов Хаккани стал командовать их вооруженными силами, однако противостоять интервентам не смог. Талибы были разгромлены, Хаккани начал вести партизанскую борьбу и вскоре был включен американцами в число шести самых разыскиваемых террористов «Талибана».

Действия Хаккани против правительственных войск и армии США были весьма удачными, с середины 2000-х годов в приходящих из Афганистана сводках начала упоминаться «Сеть Хаккани», что говорило о возросшем влиянии этого полевого командира. С 2006 года вместе с Хаккани руководить сетью стал и его сын Сираджуддин (Сирадж). Начиная с 2007 года, именно Сирадж управлял группировкой в связи с ухудшившимся здоровьем отца. Тесно связанная с «Талибаном», террористическая группировка Хаккани, тем не менее, действовала самостоятельно и никогда никому не подчинялась.

Вскоре в руководство «Сети Хаккани» уже входили несколько членов семьи ее основателя и ряд полевых командиров, группировка контролировала несколько провинций Афганистана. С 2008 года группа начала использовать для совершения терактов смертников, власти США стали рассматривать ее как представляющую наибольшую угрозу для американских военнослужащих в Афганистане. По оценкам спецслужб, количество членов сети в 2010 году составляло от 4 до 15 тысяч человек. Более точно оценить количество боевиков было сложно ввиду закрытости группировки.

С 2008 года сын основателя группировки Сирадж Хаккани был включен США в список террористов, с 2009 года за информацию о нем была объявлена награда в 5 миллионов долларов. В следующие годы в список террористов были внесены Насируддин Хаккани, Халил аль-Рахман Хаккани и Бадруддин Хаккани.

Власти США долгое время не решались официально внести «Сеть Хаккани» в число террористических группировок, так как все еще надеялись договориться с руководителями столь влиятельного движения. Спецслужбы страны даже проводили встречи с представителями сети, но достичь каких-либо договоренностей им не удалось.

Ситуация окончательно прояснилась в сентябре 2011 года, когда террористы из «Сети Хаккани» напали в Кабуле на штаб сил НАТО и посольство США. Жертвами нападения стали 16 человек. Стало ясно, что договориться с террористами не удастся, и в сентябре 2012 года было объявлено о внесении Соединенными Штатами «Сети Хаккани» в список террористических группировок.