Девушки были объявлены в розыск 26 февраля, спустя несколько дней после их выступления в храме. Вначале полиции удалось задержать Надежду Толоконникову и Марию Алехину. Спустя три недели в СИЗО очутилась и третья участница группы – Екатерина Самуцевич. В начале лета девушкам предъявили обвинения в хулиганстве по мотивам религиозной ненависти, осуществленном группой лиц по предварительному сговору. При этом сами участницы «Пусси Райот» утверждают, что музыкальная композиция, которую они исполнили в храме, острополитическая и ни в коей мере не должна оскорблять чувства православных.
После неоднократного продления ареста и длительных предварительных слушаний, 17 августа 2012 года судья Марина Сырова наконец-то вынесла «Пусси Райот» приговор. Надежде Толоконниковой, Екатерине Самуцевич и Марине Алехиной предстоит провести два года в колонии общего режима. С учетом срока, который они уже отбыли в СИЗО, девушки должны выйти на свободу 4 марта 2014 года.
После вынесения приговора защита Pussy Riot в лице Николая Полозова, Марка Фейгина и Виолетты Волковой подала кассационную жалобу в Хамовнический суд, где и проходил процесс. По словам адвокатов девушек, если приговор не будет отменен, далее последуют жалобы в Верховный и Конституционный суды, а также в Страсбургский суд по правам человека. Рассмотрение заявления планируют провести в конце сентября - начале октября 2012 года. Волкова, Фейгин и Полозов надеются, что после рассмотрения дела участницы скандальной панк-группы будут немедленно отпущены.
Сторонники Pussy Riot продолжают надеяться, что президент Российской Федерации лично помилует девушек и позволит им вернуться к семьям и детям. Однако когда адвокат Виолетта Волкова обсудила с участницами группы данную теоретическую ситуацию, Надежда, Екатерина и Мария наотрез отказались выходить из колонии досрочно. Если с «Пусси Райот» не снимут все обвинения, они планируют отбыть свой срок полностью.