Предпосылки к прекращению существования Священной Римской империи начали возникать уже в середине XVII века. Первым крупным событием такого рода стало заключение Вестфальского мира в октябре 1648 года, ознаменовавшего собой завершение Тридцатилетней войны. Этот договор существенно ограничил полномочия императора, фактически освободив от его власти отдельные княжества. Это закрепило и усилило существовавшие в империи религиозные и национальные противоречия, обусловив нарастание сепаратистских тенденций.
С конца XVII века в Священной Римской империи наблюдалось постепенное усиление центральной власти. Большую роль в этом процессе сыграли император Леопольд I и его потомки. Победа в Войне за испанское наследство, проходившей с 1701 по 1714 год также способствовала усилению влияния императора. Однако вместе с укреплением позиций имперский двор начал проводить решительное вмешательство во внутриполитические дела немецких княжеств. Это вызвало ответную реакцию в виде прекращения поддержки императора со стороны князей.
С конца XVII века происходило постепенное нарастание противоречий между двумя влиятельнейшими субъектами Священной Римской империи - Австрией и Пруссией. Большая часть владений монархов этих государств лежала за территорией империи, что обуславливало частое расхождение их личных и имперских интересов. Занимавшие престол правители Австрийской династии Габсбургов уделяли недостаточно внимания внутренним делам. В то же время военно-политическая мощь Пруссии постоянно усиливалась. Это привело к возникновению в Священной Римской империи острого системного кризиса.
Кризис империи усиливался, нарастая со второй половины XVIII века. Попытки династии Габсбургов реанимировать имперские управленческие структуры наталкивались на открытое сопротивление со стороны Пруссии и других немецких княжеств. В ходе Семилетней войны, проходившей с 1756 по 1763 год, большинство княжеств фактически вышли из подчинения императору и присягнули на верность Пруссии.
Процесс фактического распада Священной Римской империи начался с утверждения постановления «имперской депутации» в 1803 г, принятого под давлением Франции и России. Оно предусматривало радикальное изменение структуры и состава империи (упразднялось более 100 территориальных субъектов). Это постановление стало закономерным результатом поражения империи в войне Второй коалиции (1799-1801 годы) против Франции.
Разгром Священной Римской империи в войне Третьей коалиции (1805 год) против Франции поставил точку в вопросе ее существования. В результате заключенного Пресбургского мира из-под имперской власти вышли несколько государств. До середины июля 1806 г. империю покинула Швеция и множество немецких княжеств. Крах стал очевиден всем европейским политикам.
22 июля 1806 года через австрийского посла в Париже императору Францу II был передан ультиматум Наполеона с требованием отречься от престола в срок до 10 августа. В противном случае Франция вторглась бы в Австрию. 6 августа 1806 года Франц II сложил с себя титул императора Священной Римской империи, освободив от ее власти все субъекты, входившие в ее состав. Так Священная Римская империя прекратила свое существование.