В основе ЭМ-технологии лежит представление о том, что микроорганизмы можно условно разделить на три группы: позитивные, негативные и нейтральные. Для повышения благотворности среды следует увеличить количество присутствующих в ней полезных организмов и уменьшить количество патогенных. Процентное соотношение микроорганизмов, признанных нейтральными, не имеет особого значения, поскольку они будут действовать в соответствии с общей тенденцией, которую обеспечивают преобладающие микроорганизмы.
В восьмидесятых годах XX века профессор Университета Рюкю Теруо Хига подобрал комбинацию из приблизительно восьми десятков бактерий и грибков, названных «эффективными микроорганизмами». Действуя сообща, эти организмы могут оказать на среду, в которой развиваются, необходимое благотворное влияние.
По мнению автора японской разработки сфера применения новой технологии достаточно широка. Продукты, выпускаемые под торговой маркой EM, могут быть использованы в сельском хозяйстве для переработки органических остатков на удобрения, подавления патогенных микроорганизмов в почве и улучшения ее структуры. Эффективные микроорганизмы также обладают возможностью преобразовывать содержащиеся в земле питательные вещества в растворимую форму, доступную для растений. При очистке загрязненных водоемов эти микроорганизмы восстанавливают естественные функции водной экосистемы.
Как показала практика, препараты, созданные по ЭМ-технологии, могут быть использованы при ликвидации последствий стихийных бедствий для улучшения санитарного состояния пострадавшей зоны. Эффективные микроорганизмы применялись в Таиланде и Индонезии после цунами 2004 года, в 2010 году эта технология использовалась при устранении последствий землетрясения на Гаити.
Применение эффективных микроорганизмов в сельском хозяйстве связано с определенными неудобствами: биотехнология предполагает отказ от традиционно используемых ядохимикатов и минеральных удобрений, а в ряде случаев и от вспашки почвы. Тем не менее эта технология применима в органическом земледелии, при котором синтетические удобрения, регуляторы роста, пестициды и гербициды не используются.