Финансирование строительства наукограда, а также других работ (реклама, медиаразмещение, брендинг и т.д.), связанных с его созданием, происходит из государственного бюджета. В частности, Виктор Вексельберг заявил, что на это выделено 85 миллиардов рублей, рассчитанных на четыре года. Кроме того, некоторая сумма была внесена сторонними инвесторами.
«Сколково» располагается на земле, принадлежащей государству - это 375 гектаров бывшей территории НИИ «Немчиновка». Изначально планировалось, что наукоград будет построен на 600 гектарах, но остальные земли вокруг него являются частными. Большинство из них принадлежат структурам Романа Абрамовича и Игоря Шувалова. Дмитрий Медведев, будучи президентом, обещал выкупать эти земельные участки по рыночным ценам. Летом 2010 г. Виктор Вексельберг заявил, что наукограду требуется дополнительно 103 гектара, но на данный момент территория «Сколково» остается прежней.
Тем не менее, планируется, что в некоторых аспектах управления наукоградом государство ослабит свои влияние и контроль. Будет введен льготный налоговый режим: для самого фонда и его дочерних организаций – бессрочно, для участников – на 10 лет, либо до того момента, когда выручка стартапа достигнет планки в 1 млрд $. Строительство, размещение рекламы и передача земельных участков будут проходить по ускоренной и упрощенной процедуре. Кроме того, все хозяйственные вопросы будут решаться фондом, а функции МЧС, ФНС, ФМС, МВД и Роспотребнадзора перейдут к подразделениям, напрямую подчиняющимся фонду.
С другой стороны, это по некоторым моментам противоречит Конституции РФ, о чем заявил лидер «Яблока» Сергей Митрохин. Однако запросов в суд по поводу статуса «Сколково» отправлено не было.
Исходя из этого, можно сделать вывод, что за исключением некоторых моментов, наукоград «Сколково» фактически принадлежит государству, которое, с одной стороны, является главным спонсором проекта, а с другой – предоставляет территорию для его строительства.