Роль отрицательного героя в этот раз берет на себя Джемейн Клемент, он играет Бориса. Это уголовник, сбежавший из Лунной тюрьмы. Он горит ненавистью к агенту Кею, который в июле 1969 года поймал преступника и оставил его без руки. Когда Кей вдруг узнает, что Борис бежал, то высказывает огромное сожаление, что тогда при аресте не убил его. После этого агент просто исчезает, и о том, что он существовал, помнит только напарник Джей. Остальные сотрудники в черном думают, что Кей погиб при стычке с каким-то преступником в 1969 году.
Единственное объяснение такого переворота реальности – это изменение прошлого. Джей и агент О решают, что к этому причастен именно Борис. Подтверждением этому становится еще одно событие космического масштаба – вторжение на Землю расы Бориса. В прежней реальности такое было невозможно, так как Кей установил на планете защитное устройство под названием «АркНет». Сейчас же в связи со смертью агента еще несколько десятилетий назад у Земли не осталось никакого заслона от космических врагов.
Джей выясняет, что Бориса отправил в прошлое Джеффри Прайс – торговец электроникой, имевший в своем арсенале незаконный переместитель во времени. Агенту ничего не остается, как отправиться в прошлое, чтобы спасти своего напарника. И он сразу же оказывается под арестом у молодого Кея. При допросе Джей все ему рассказывает, и будущий напарник верит. Вместе они находят арканианца Гриффина, у которого есть «АркНет». Теперь путь они продолжают втроем и отправляются для установки защиты на Луну. Но на ракете их арестовывает полковник. Теперь и он становится хранителем тайны Джея.
С этого момента происходит стремительное развитие событий. Герои встречаются с двумя Борисами и возникает схватка. Преступник из будущего сброшен в шахту ракеты, за ним отправляется и молодой Борис. Защита для Земли установлена. И вот, казалось бы, миссия Джея выполнена, но появляется чудом выживший молодой преступник. Полковник погибает, но и Бориса удается уничтожить. И вот в фильме появляется новый персонаж. Из машины полковника выходит мальчик и начинает искать своего отца. Агент узнает себя. Джей возвращается в свое время и встречает в кафе Кея. Все вернулось назад.